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                [允英学术成果]基于胸水样本的高通量测序在中国肺癌患者中的重要临床价值
                发布时间: 2020-4-8 10:00:38


                导读


                恶性胸腔积液(MPE)是晚期肺癌患者较为常见的并发症之一。临床上,约在50%的晚期NSCLC患者中发生,其中在肺腺癌患者中最为常见。肺癌的基因检测改变了晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者的治疗和管理模式,但是部分晚期肿瘤患者较难获取足够的组织用于分子检测,而这时侵入性较小的液体活检则是一个非常好的替代手段。随着分子检测技术的重大突破,科学家们已经可以用多种液体活检媒介进行基因组信息的探索和研究,其中就包含恶性胸腔积液。


                江苏省常州市第二人民医院呼吸与危重症科 杨明夏主任允英医疗合作,利用允英肺癌靶向套餐NGS Panel23对108例肺癌患者胸水沉淀样本进行了基因检测分析,基于允英自主研发具有更高捕获效率的AllNGS?技术,揭示胸水样本作为液体活检媒介,可以提供具有代表性的肿瘤基因组信息。相关研究成果在ONCOLOGY LETTERS上发表。




                ● 研究人群 ●

                研究共纳入了2017年12月至2018年7月期间共108例晚期非小细胞肺癌患者的胸腔积液样本;其中腺癌患者占60.1%。




                ● 研究结果 


                1、108例患者肿瘤基因组变异情况

                研究在93例(86%)患者检测到EGFR突变,其中28例(30%)检测到 19号外显子缺失突变,33例(35.5%)检测到 L858R突变及L861Q突变,7例(7.5%)患者检测到T790M突变,其中包含一例T790M与C797S顺式突变。




                6例(5.6%)患者检测到ALK-EML4融合,另外检测到1例患者携带ROS1-CD74融合;以及2例患者携带HER2 M774_A775insAYVM突变。从结果看,提示超过60%的肺癌患者通过胸水样本分子检测可以指导后续靶向治疗。


                同时,在108例患者中,检测到KRAS,AKT1,BRAF,TP53,PIK3CA,DDR等基因突变,为肺癌靶向治疗药物开发提供了研究基础。




                2、不同性别肿瘤基因组变异情况


                根据以往研究,EGFR突变偏向发生于不吸烟的女性患者中。本研究按照入组患者性别分成两组进行基因突变统计。去除一例胸水样本缺少性别信息外,51位男性和56位女性患者的突变信息如下图所示。在ERBB2,EGFR 18号外显子突变,ALK融合,ROS1融合以及PIK3CA突变来看,女性患者的突变率高于男性患者。而在EGFR 21号外显子,BIM 2903bp缺失,TP53以及BRAF突变中,男性患者的突变率要高于女性患者。对于EGFR 已明确突变位点,女性患者(64.3%)突变率高于男性(50.9%)。





                3、不同年龄段肿瘤基因组变异情况


                不同年龄阶段的肺癌患者在驱动基因突变频率上是否有差异?本研究则探索了不同年龄阶段基因突变情况。下图显示了不同年龄的突变分布情况。


                结果表明,某些基因突变率随年龄的增长而增加,包括ERBB2热点突变,PIK3CA热点突变,BRAF热点突变,EGFR 18外显子突变,EGFR 21外显子突变,PTEN突变,FGFR1其他突变,BIM突变,KRAS突变。相反,其他突变率则随着年龄的增长而降低,例如PIK3CA突变,EGFR外显子20热点突变和ROS1融合。而其他基因,其突变率和年龄没有观察到显著差异。



                ● 讨论 ●

                研究发现,胸水样本作为液体活检新媒介,可以提供具有代表性的肿瘤基因组信息,为临床治疗方案制定发挥更多潜在的临床应用价值。但是液体活检对于样本及检测技术提出了更高要求,以降低假阳性或假阴性结果的出现。


                本研究应用允英自主研发的杂交捕获技术,提高杂交捕获效率大于65%,性能优于常规商业试剂盒(安捷伦,罗氏,Illumina)30-50%的捕获效率;同时保证测序深度及测序数据质量,揭示肿瘤基因组变异情况。




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